新疆不仅是个多民族的地区，而且是个多种宗教并存的地区。新疆有伊斯兰教、佛教、基督教、天主教、东正教、道教、萨满教等多种宗教。

伊斯兰教　伊斯兰教大约是10世纪中叶传入新疆的。伊斯兰教传入前，新疆各少数民族曾信仰过萨满教、摩尼教、袄教、景教、佛教等。10世纪中叶，随着阿拉伯帝国势力的东进，伊斯兰教开始向新疆传入，喀拉汗王朝的著名可汗苏里唐·布格拉首先皈依伊斯兰教，喀什成了伊斯兰教的传播中心。后来伴随萨曼尼王朝向外不断扩张伊斯兰教势力，于阗（今和田）也成了伊斯兰教的又一个基地。到13世纪，伊斯兰教传到了阿克苏、库车、焉耆、伊犁等地区。15世纪初，吐鲁番盆地的人们主要信仰伊斯兰教，15世纪末，哈密地区的居民也开始信奉伊斯兰教。      
    现在新疆信仰伊斯兰教的少数民族有10个，即维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔塔尔族、乌孜别克族、塔吉克族、东乡族、撒拉族、保安族。其中前7个民族是新疆的世居民族，后3个是新中国成立后从内地陆续迁过去的。伊斯兰教有各种教派，传到新疆的主要是逊尼派中的大伊玛目哈乃斐派、什叶派中的伊斯玛伊勒派以及苏非派。新疆的维吾尔、哈萨克、回、乌孜别克、塔塔尔等民族的大多数人信仰逊尼派；维吾尔、乌孜别克等民族中也有相当一部分人信仰苏非派；塔吉克、柯尔克孜等民族基本上都信仰什叶派中的伊斯玛伊勒派。新疆是我国清真寺最多的地区，各地均有分布，比较著名的有喀什的艾提尕尔清真寺、库车大寺，莎车的加玛清真寺和阿孜那清真寺，乌鲁木齐的陕西大寺和南门寺等。
   佛教　在新疆所有的宗教中，佛教在新疆流传最久，长达2000多年，至今仍为新疆蒙古族、藏族同胞所信奉（藏传佛教），在汉族、满族、锡伯族中也有部分人信奉。最早传入新疆和田的佛教是上座部佛教，后来大乘佛教接踵而来，时间都在纪元前后。